Painel Fusão para Diagnóstico Sarcoma, condições Oncologia, Vários Materiais

Orientações necessárias

I Exame:

Este exame consiste no sequenciamento e avaliação de regiões de fusões de 108 genes a partir de amostras de tumor emblocadas em parafina, seguida de análise das variantes genômicas por meio de inteligência artificial e interpretação dos dados clínicos e moleculares realizados por equipe especializada. O exame pode ser realizado em material obtido a partir de tecidos (blocos de parafina ou lâminas histológicas), sendo indicado para auxiliar no diagnóstico de neoplasias tais como: de sarcomas, do sistema nervoso central e de glândulas salivares. Os resultados são acompanhados por um laudo interpretativo, com dados que incluem as alterações identificadas e a relação com diagnóstico.

II Critérios de realização:

Para a realização deste exame é necessário solicitação médica.

É imprescindível que seja fornecida cópia do laudo anatomopatológico original da análise do material.

Poderão ser aceitos os seguintes materiais:

Fragmentos de tecido fixados em formalina 10% tamponada, embebidos ou não em parafina (enviar em temperatura ambiente);

Lâminas de corte histológico (enviar em temperatura ambiente)

Caso sejam enviadas somente lâminas para a análise, são necessárias no mínimo 16 (dezesseis) lâminas em branco (não coradas), não montadas; seção de 5µm de espessura, em portalâminas.

ATENÇÃO: Não serão aceitas lâminas com resina ou material fora das condições citadas acima.

O tecido deve ter sido fixado previamente em formalina tamponada o mais rápido possível após a biópsia ou cirurgia. A fixação deve ser de, no mínimo, seis horas e, no máximo, 72 horas. A adoção de cuidados na coleta e na fixação da amostra garantem o sucesso do teste.

Caso seja enviado fragmento de tecido sem análise prévia (biópsia), o material deverá ser submetido a exame anatomopatológico para confirmação do diagnóstico naquela amostra.

É necessário que a amostra tenha células tumorais não necróticas presentes em quantidade superior a 20%.

É importante salientar que o material enviado sempre será analisado por um médico patologista antes da realização do exame. Dessa forma, se o material enviado for insuficiente ou inadequado para o teste, o mesmo não poderá ser realizado.

Orientações necessárias

I Exame:

Este exame consiste no sequenciamento e avaliação de regiões de fusões de 108 genes a partir de amostras de tumor emblocadas em parafina, seguida de análise das variantes genômicas por meio de inteligência artificial e interpretação dos dados clínicos e moleculares realizados por equipe especializada. O exame pode ser realizado em material obtido a partir de tecidos (blocos de parafina ou lâminas histológicas), sendo indicado para auxiliar no diagnóstico de neoplasias tais como: de sarcomas, do sistema nervoso central e de glândulas salivares. Os resultados são acompanhados por um laudo interpretativo, com dados que incluem as alterações identificadas e a relação com diagnóstico.

II Critérios de realização:

Para a realização deste exame é necessário solicitação médica.

É imprescindível que seja fornecida cópia do laudo anatomopatológico original da análise do material.

Poderão ser aceitos os seguintes materiais:

Fragmentos de tecido fixados em formalina 10% tamponada, embebidos ou não em parafina (enviar em temperatura ambiente);

Lâminas de corte histológico (enviar em temperatura ambiente)

Caso sejam enviadas somente lâminas para a análise, são necessárias no mínimo 16 (dezesseis) lâminas em branco (não coradas), não montadas; seção de 5µm de espessura, em portalâminas.

ATENÇÃO: Não serão aceitas lâminas com resina ou material fora das condições citadas acima.

O tecido deve ter sido fixado previamente em formalina tamponada o mais rápido possível após a biópsia ou cirurgia. A fixação deve ser de, no mínimo, seis horas e, no máximo, 72 horas. A adoção de cuidados na coleta e na fixação da amostra garantem o sucesso do teste.

Caso seja enviado fragmento de tecido sem análise prévia (biópsia), o material deverá ser submetido a exame anatomopatológico para confirmação do diagnóstico naquela amostra.

É necessário que a amostra tenha células tumorais não necróticas presentes em quantidade superior a 20%.

É importante salientar que o material enviado sempre será analisado por um médico patologista antes da realização do exame. Dessa forma, se o material enviado for insuficiente ou inadequado para o teste, o mesmo não poderá ser realizado.

Processamento e adequação da amostra

Enviar o material (lâminas, material fresco ou blocos de parafina) à Seção de Anatomia patogênica junto com cópia do laudo anatomopatológico original (quando o material não tiver sido analisado no Fleury) em temperatura ambiente.

Método

As amostras tumorais fixadas serão avaliadas por médico patologista que fará a seleção da área tumoral representativa. Dez seções de cada tumor serão utilizadas para a extração de RNA. O protocolo segue um preparo inicial para a fragmentação das moléculas de RNA e inserção de adaptadores com indexes. Em seguida, a molécula de RNA é enriquecida nas regiões de interesse por captura híbrida. A captura das regiões de fusões de 108 genes é realizada por meio de um painel customizado e, em seguida, sequenciada na plataforma Illumina (equipamentos NextSeq500 e/ou NovaSeq6000). Os dados do sequenciamento são processados em um pipeline de bioinformática desenvolvido e validado internamente. As variantes identificadas e filtradas nesse pipeline passam por uma anotação gênica que utiliza a inteligência artificial Franklin/Genoox. Os resultados de cada caso são discutidos individualmente por uma equipe multidisciplinar composta por médicos patologistas moleculares, geneticistas e equipe técnicocientífica para a confecção do laudo.

Valor de referência

O resultado será acompanhado de um relatório interpretativo

Interpretação e comentários

A avaliação de mutações no tecido tumoral permite a identificação de variantes direcionadoras do diagnóstico, de acordo com o tumor avaliado. O teste avalia regiões de fusões de 108 genes, por meio do sequenciamento de nova geração

Os resultados são acompanhados por um laudo interpretativo, com dados que incluem as alterações identificadas e as informações de diagnóstico quando presente.

Lista dos 108 genes principais para análise de fusões:

ABL1; ACTB; AKT3; ALK; ARID1A; ATXN7L1; BCOR; BRAF; CAMTA1; CDX1; CIC; COL1A2; COL3A1; COL6A3; CREB1; CREB3L1; CREB3L2; CRTC1; CSF1; CXorf67; EGFR; ERG; ESR1; ETV1; ETV4; ETV5; ETV6; EWSR1; FGFR1; FGFR2; FGFR3; FGFR4; FN1; FOS; FOSB; FOXO1; FOXO4; FOXR2; FUS; GLI1; HMGA1; HMGA2; IRF2BP2; JAZF1; KIF5B; KMT2A; MAML2; MET; MKL2; MN1; MSN; MYB; NCOA2; NCOA3; NOTCH1; NOTCH2; NOTCH3; NR4A3; NRG1; NTRK1; NTRK2; NTRK3; NUTM1; NUTM2A; NUTM2B; PAX3; PAX5; PBX1; PDGFB; PDGFD; PDGFRA; PDGFRB; PHF1; PLAG1; PRDM10; PRKCA; PRKCB; PRKCD; PRKD1; PRKD2; PRKD3; PVT1; RAD51B; RAF1; RELA; RET; ROS1; RPLP1; SFMBT1; SLC44A1; SS18; SS18L1; SSX1; SSX2; SSX4; STAT6; SYK; TAF15; TERT; TFE3; TFEB; TGFBR3; TMPRSS2; TTYH1; USP6; VGLL2; YAP1; YWHAE

As fusões envolvendo os 108 genes principais podem ocorrer com diferentes genes parceiros. Abaixo encontra-se a lista dos 297 genes parceiros:

AC008753; AFAP1; AGBL4; AGGF1; AGTRAP; AHCYL1; AHRR; AKAP9; ALG9; AMBRA1; ANKH; ANKMY2; ANO3; ARHGAP42; ASPSCR1; ATF1; ATG13; ATG7; ATIC; AUH; AUTS2; BAIAP2L1; BBS9; BCL6; BCR; BEND2; BEND5; BICC1; BIRC2; BRD3; BRD4; BTBD1; C10orf118; C11orf95; C2orf44; C8orf34; C9orf153; CACNA1A; CADM2; CAPZA2; CARS; CCDC6; CCNB3; CD63; CD74; CDC42SE2; CDH11; CEBPZ; CEP128; CEP85L; CEP89; CHIC2; CITED2; CIZ1; CLCN6; CLIP1; CLTC; CNBP; CNTN5; COL1A1; COL21A1; CRTC2; CRTC3; CTC-339O9; CUL1; CXXC5; DCPS; DCTN1; DCUN1D5; DDIT3; DDX3X; DFFA; DIP2B; DUSP15; DUX4; DVL2; EGF; ELAVL3; EMILIN2; EML4; EP400; EPC1; ERC1; EZR; FAM131B; FBXO28; FBXW4; FCHSD1; FEV; FGD3; FGF1; FIP1L1; FLI1; FRK; FRMD4A; FXR1; FYCO1; GAB1; GATM; GIT2; GKAP1; GNAI1; GOLGA5; GOPC; GPHN; GRID2; GTF2I; GTSE1; HACL1; HAS2; HECTD4; HERPUD1; HEY1; HIP1; HLA-A; HNRNPM; HOOK3; IGFBP5; IQSEC1; JMJD1C; JPX; KIAA1377; KIAA1549; KIAA1598; KIRREL; KLC1; KLF17; KLHL26; KLHL7; KRT8; KTN1; LAMTOR1; LAP3; LAS1L; LEUTX; LMNA; LMO1; LNX1; LPP; LRIG3; LSM14A; MACF1; MACROD2; MAML3; MAMLD1; MAN1A1; MAP3K7; MBTD1; MEAF6; MED12; MIR143HG; MKRN1; MLLT10; MLLT4; MRE11A; MRPS33; MTAP; MTMR2; MYC; MYEOV; MYH10; MYH9; MYLK; MYO5A; NAB2; NACC2; NAV1; NCOA1; NCOA4; NDRG1; NFATC2; NFIA; NFIB; NPM1; NRF1; NSD1; NUMA1; NUP214; NXPH1; OFD1; OGDH; OMD; OPHN1; P2RY8; PAICS; PAN3; PATZ1; PAX7; PBX3; PCDHGA1; PCM1; PCSK5; PDCD1LG2; PDPN; PDZRN3; PKHD1; POC5; POU5F1; PPAP2B; PPFIBP1; PPHLN1; PPP2R5C; PPP6R3; PRKAR1A; PRR12; PSMA6; PTPRT; PTPRZ1; PWWP2A; PYGO1; QKI; RAB2A; RANBP2; RBPMS; RLN2; RNF130; RNF213; RNF31; RNF38; RP11-622K12; RPL36; RRAGB; RUNX2; S100A10; SCFD2; SDC4; SDCCAG8; SEC31A; SEPT7; SERPINE1; SETBP1; SFPQ; SHANK2; SLC34A2; SLC45A3; SLMAP; SMAD3; SMARCA5; SND1; SP3; SPARC; SPDYE4; SPECC1L; SQSTM1; SRF; SRGAP3; SRSF3; SSBP4; ST7; STRN; STRN4; SUZ12; TACC1; TACC3; TBL1XR1; TCF12; TEAD1; TFG; TG; THOP1; THRAP3; TIMP3; TJP1; TM7SF3; TMEM106B; TMEM165; TMEM245; TMEM40; TMEM51; TMF1; TOM1L2; TP53; TP63; TPM3; TPM4; TPR; TRAF2; TRAF3; TRIM24; TRIM27; TRIM33; TRIM63; TRIO; UPF1; USP2; USP46; USP8; VCL; WT1; WWTR1; ZC3H7B; ZCCHC8; ZFP36; ZNF444; ZNF710; ZNF84; ZSCAN30