Orientações necessárias
Orientações para o cliente
I - Preparo
Não é necessário preparo.
II - Exame
- Não é necessário pedido médico.
- Resultados serão disponibilizados na plataforma Varsmetagen e arquivos processados serão disponibilizados para download (FASTQ, FASTA, BAM, VCF, CSV) conforme solicitação.
- Não será liberado um laudo no sistema.
Manual do exame
Orientações necessárias
I - Preparo
Não é necessário preparo.
II - Exame
- Não é necessário pedido médico.
- Resultados serão disponibilizados na plataforma Varsmetagen e arquivos processados serão disponibilizados para download (FASTQ, FASTA, BAM, VCF, CSV) conforme solicitação.
- Não será liberado um laudo no sistema.
Processamento e adequação da amostra
Não se aplica, pois não há coleta de amostra.
Dados brutos devem seguir diretrizes próprias de qualidade, sendo responsabilidade do cliente o envio de dados adequados para análise.
Método
O exame inclui a análise de bioinformática utilizando um pipeline padronizado de bioinformática focado na identificação de resistências a antibiotóticos em genomas bacterianos a partir de dados de sequenciamento massivo paralelo (NGS) do DNA extraído de um isolado. Os resultados principais são disponibilizados através de tabelas e gráficos na plataforma proprietária Varsmetagen, onde também é possível fazer o download dos arquivos processados:
BAM: Arquivo contento o alinhamentos dos reads contra o genoma de referência da bactéria
FASTQ: Arquivo com as sequências curtas de sequenciamento pós controle de qualidade
FASTA: Genoma do completo ou parcial da bactéria montado a partir do método de novo, consenso ou por binagem
CSV: Tabela com as identificações de genes e associação com perfil de resistência a antibióticos
VCF: Arquivo com a chamada de variantes para bactérias específicas, quando disponível
Interpretação e comentários
O exame de identificação de genes de resistência a antibióticos em bactérias é uma análise especializada desenvolvida para detectar genes que conferem resistência a diferentes classes de antibióticos no genoma bacteriano. Utilizando a tecnologia de sequenciamento de nova geração (NGS), este exame permite uma caracterização detalhada dos genes de resistência, essencial para a gestão clínica eficaz e personalização do tratamento de infecções bacterianas.
O exame baseia-se no sequenciamento do genoma completo de uma bactéria, onde então são identificados os genes de resistência a antibióticos. A análise geralmente é realizada a partir de sequenciamentos de isolados ou culturas bacterianas. A tecnologia de sequenciamento de nova geração garante uma cobertura abrangente e uma sequência consenso de alta acurácia, permitindo a identificação precisa dos genes de resistência.
As leituras de sequenciamento são comparadas a bancos de dados de referência de genes de resistência a antibióticos. Os dados obtidos são interpretados por microbiologistas e bioinformatas certificados, que consideram o histórico médico e terapêutico do paciente para fornecer uma análise clínica precisa e relevante. A interpretação dos resultados ajuda a otimizar o tratamento antibiótico, ajustando os medicamentos de acordo com o perfil de resistência específico da infecção.
Os seguintes arquivos podem ser disponibilizados para análise adicional:
FASTQ: Arquivo contendo as leituras de sequenciamento pós processamentos de qualidade.
BAM: Arquivo contendo os alinhamentos dos reads contra o genoma de referência bacteriano.
FASTA: Sequências das regiões genômicas e genes bacterianos analisados.
CSV: Tabela com os genes de resistência identificados, incluindo a posição, o tipo de gene, e a interpretação clínica.
VCF: Arquivo com a chamada de variantes, incluindo SNPs e indels, em relação ao genoma de referência bacteriano, quando disponível.